⑴ 已知一段真菌序列,如何預測內含子
一般而言,我們根據RNA剪接位點(內含子/外顯子)來預測內含子和外顯子區間。該生物信息學推斷是基於剪接的保守性序列「GU-AG」規則,即內含子5』端序列一般是GU,而3』端一般是AG,當然它們附近的序列也是有一定規律的,但不是很保守。根據這一特點並結合ORF, Blast等數據就可以對未知基因的成熟mRNA序列進行預測。
經典的內含子預測網站有Augustus,SplicePort,GeneSplicer,NetGene2,MaxEntScan。但考慮到你是真菌序列,所有隻能選擇前兩個網站進行運算。
⑵ 哪些網站可以查詢有關真菌的
介紹一些真菌常用的網站
給大家介紹蘑菇的時候,經常會有人問道蘑菇的一些資料要在哪裡去查?小黑就只能非常遺憾地告訴大家,大型真菌領域尚未得到有大家一致認可的研究結果,所以沒有一個像eFlora這樣的檢索網站。
如果需要檢索的話,就只能在文獻中去找相關類群的檢索表了。本文主要給大家介紹一下真菌研究必不可少名稱檢索網站,和小黑常用的一些圖片、科普網站。
1 Index Fungroum
Index Fungroum,中文名真菌索引,是CABI的出版物,目前提供了大多數在「非主流」出版物和「灰色」文獻中發表的名稱。在大型真菌發表新物種時,研究者一定會將新種的名稱上傳到 Index Fungroum 和 Mycobank 中,因而只要是發表的新種都能夠在該網站找到相應的名稱。此外,Index Fungroum 幾乎收錄了所有真菌物種的全部名稱,所以在這個網站上也能夠查看到每個物種名稱改變的全部歷史痕跡。掘友啟下圖就是小假鬼傘 Coprinellus disseminatus 的各代名稱。
所以在寫推文的時候,小黑常常會把手頭上定種的名字在 IF 上查一遍,看看是否有過改名,以及現用名 Current Name。
因為有IF,所以 Mycobank 用的就比較告拆少,只有上傳新種信息的時候才會登錄。
2 http://MushroomExpert.Com
這一部分就是常用的圖片網站了。
MushroomExpert.Com 這個網站是 Michael Kuo 創建的,網站所有的圖片基於作者在過去25年裡收集的北美蘑菇和其他人寄給他的標本,超過1100個物種。對每一個物種都有宏觀和微觀形態的描述,也有足夠多的特徵圖片包括顯微圖片用於鑒定和對比。是非常棒的蘑菇鑒定網站和學習網站了。
3 Photo Gallery wildlife pictures - Mushrooms
Photo Gallery wildlife pictures - Mushrooms 是 Photo Gallery 下面的一個子頁面,大概有2000個蘑菇物種的圖片,大多數是歐洲物種。
4 Список латинских названий видов
Список латинских названий видов 這一大串名字應該很容易就能認出來是俄羅斯的網站了,所以收集圖片都是俄羅斯境內的,每個頁面內也都有詳細的介紹(雖然都是俄文的),必要的時候用一下網頁翻譯還是能用的。
5 蕈哥菇妹園地 (THE FORUM OF FUNGI)
前面介紹了那麼多都是國外的圖片網站,國內的小黑個人最喜歡的一個網站是 蕈哥菇妹園地(THE FORUM OF FUNGI) ,這個網站主要記錄的是判如台灣的物種,和華南地區的物種很接近。收錄的物種數網頁上沒有寫,很多東西都能查到。
但是,小黑還真沒有發現哪個網站收錄了很多大陸的大型真菌圖片。希望大家知道的時候可以小黑。
⑶ 現在有人推銷真菌多糖保健的有多好多好,治症證之類,到什麼地方查真菌多糖正假
國家食品葯品監督管理局網站。